El museo se encuentra en la Quinta Mendilaharsu perteneciente a dicha familia siendo María Antonia Netto la que se encarga de su decoración, jardines, etc hasta su muerte en 1949. Luego vivirá allí su nieto vendiendo la propiedad en 1969 a una institución educativa. En 1975, la Quinta es declarada Monumento Histórico Nacional, siendo adquirida por el Estado en el año 1977.

En 1979, el Ministerio de Educación y Cultura autoriza la instalación en esta Finca de las Colecciones Arqueológicas, Paleontológicas y Geológicas donadas al Estado por el Profesor Francisco Oliveras. En base a esta donación, en 1981, se crea el Museo Nacional de Antropología, que abre sus puertas al público en el año 1988.

El Museo Nacional de Antropología cuenta con una Colección de Arqueología, una de Etnografía y Folklore y una contemporánea.